水素と空気中の酸素を使って発電しますが、水素は都市ガスから化学反応により取り出しており、この化学反応の過程でCO2を排出します。
また、エネファーム用熱源機が燃焼する際（貯湯タンク湯切れ時、暖房運転など）にもCO2を排出します。